Từ tiền thân trước ngày 30 tháng 04 năm 1975 là Dưỡng đường Dung Anh (chuyên về phụ sản), ngay sau ngày thống nhất đất nước 30 - 4 – 1975, dưỡng đường đã được tổ Đông Y “C7” thuộc Ban Dân Y miềm nam tiếp quản, tổ chức hoạt động và phát triển với tên Bệnh viện Y học dân tộc (là bệnh viện nghiên cứu thuộc Viện Y dược học dân tộc) dưới sự quản lý của Bộ Y tế..
Ngày 05 tháng 04 năm 1979 Bệnh viện Y học dân tộc được Bộ Y tế chuyển giao cho Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh quản lý (ngày 05.04 hàng năm cũng được chọn là ngày thành lập Bệnh viện).
Ngày 14 tháng 07 năm 1999 Bệnh viện được Ủy Ban Nhân Dân Thành phố cho phép đổi tên thành Bệnh viện Y học cổ truyền Thành phố Hồ Chí Minh trực thuộc Sở Y tế Thành phố, đây cũng là tên sử dụng chính thức hiện nay của Bệnh viện
Ngày 10/02/2020, Bệnh viện được Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh quyết định xếp hạng là Bệnh viện Y học Cổ truyền hạng I (quyết định số 444/QĐ-UBND) với qui mô 300 giường bệnh, trực thuộc Sở Y tế thành phố Hồ Chí Minh.
Bệnh viện Y học cổ truyền Tp. HCM là bệnh viện chuyên khoa đầu ngành về Y học cổ truyền (YHCT) của thành phố, cũng là bệnh viện tuyến cuối về YHCT của các tỉnh phía Nam. Với đội ngũ thầy thuốc có trình độ chuyên môn cao về Y Dược cổ truyền, giàu kinh nghiệm kết hợp Y học cổ truyền và Y học hiện đại, được trang bị nhiều trang thiết bị y tế hiện đại, Bệnh viện là địa chỉ tin cậy trong khám, điều trị và bảo vệ sức khỏe cho cán bộ, nhân dân thành phố và cả nước, của kiều bào nước ngoài và du khách quốc tế.
Bệnh viện có nhiệm vụ chỉ đạo tuyến về chuyên môn YHCT và chuyển giao kỹ thuật cho các bệnh viện có khoa YHCT trong thành phố và các bệnh viện YHCT các tỉnh bạn.
Bên cạnh công tác khám, chữa bệnh, bệnh viện Y học cổ truyền được phép tổ chức đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc các lĩnh vực chuyên ngành Y học cổ truyền. Bệnh viện còn là cơ sở thực hành của các trường Đại học Y Dược Tp.HCM, Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, khoa Y Đại học Quốc gia TpHCM, và nhiều trường y dược khác.Khoa Dược bệnh viện với đội ngũ dược sĩ có chuyên môn cao, được trang bị hiện đại đang sản xuất nhiều sản phẩm có chất lượng, tác dụng và hiệu quả cao trong điều trị và nâng cao sức khỏe người dân. Với định hướng phát triển theo hướng hiện đại, khoa Dược là cơ sở đạt chuẩn GMP, GLP và GSP về sản xuất, bảo quản thuốc Y dược cổ truyền, góp phần phát triển nguồn dược liệu trong nước có chất lượng cao.
Với định hướng hiện đại hóa, phát triển các kỹ thuật chuyên sâu Y Dược cổ truyền, kết hợp tinh tế Y học cổ truyền và Y học hiện đại, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông minh theo hướng bệnh viện thông minh, phát triển du lịch y tế , cùng đẩy mạnh liên kết Viện – Trường, Bệnh viện Y học cổ truyền thành phố Hồ Chí Minh vững tin là địa chỉ đáng tin cậy trong chăm sóc và bảo vệ sức khỏe, ngày càng được người bệnh trong và ngoài nước tin yêu, lựa chọn.
Đáp lại tình cảm của người bệnh, đồng bào trong và ngoài nước, Cấp ủy Đảng, Ban Lãnh đạo bệnh viện cùng toàn thể viên chức và người lao động luôn nổ lực phấn đấu nâng cao chất lượng dịch vụ - hướng đến sự hài lòng ngày càng cao của người bệnh. cùng vì mục tiêu góp phần xây dựng nền Y học Việt Nam hiện đại, khoa học, dân tộc và đại chúng.Hướng tới, bệnh viện tiếp tục xây dựng và phát triển theo hướng chuyên sâu, hiện đại về Y Dược cổ truyền. Phấn đấu để xứng đáng được trao tặng danh hiệu cao quí Huân chương lao động Hạng Nhất.
Cơ sở 2
Phòng khám chuyên khoa y học cổ truyền cơ sở 2.
Tổng số 331 viên chức, người lao động (80 bác sĩ, 85 điều dưỡng, y sĩ, kỹ thuật viên y,37 kỹ thuật y,1 y sĩ, 49 viên chức dược và 73 viên chức chuyên môn khác).
