Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch tiền thân là bệnh viện Hồng Bàng được xây dựng và đưa vào hoạt động vào năm 1906 nghĩa là bệnh viện đã có lịch sử hơn 116 năm hoạt động. Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch tọa lạc tại địa chỉ 120 đường Hồng Bàng, Phường 12, Quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh, nơi đây là trung tâm hành chính kinh tế năng động của quận 5. Phía Đông của bệnh viện tiếp giáp đường Ngô Quyền, phía Nam tiếp giáp đường Hồng Bàng, phía Tây tiếp giáp trường học, phía Bắc giáp khu dân cư. Nhờ vị trí địa lý thuận lợi là mặt tiền của cả đường Hồng Bàng và đường Ngô Quyền, lại ở gần các cơ quan nhà nước và công viên lớn nhất quận 5 cũng như chỉ cách đại lộ Đông Tây khoảng 1km, nên việc di chuyển đến bệnh viện rất thuận lợi hiếm khi bị tắc nghẽn giao thông ngay cả khi đi lại bằng xe 4 bánh. Khuôn viên của bệnh viện rất rộng, khoảng 4,6 hecta với nhiều cây cổ thụ nhiều cây cảnh có hoa quanh năm, nên nơi đây thực sự là môi trường tự nhiên trong lành giúp bệnh nhân mau chóng khỏi bệnh.
Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch là đơn vị đầu ngành thực hiện chỉ đạo tuyến về lao và bệnh phổi cho các tỉnh thành miền Nam, bệnh viện rất vinh dự được mang tên của anh hùng lao động, Nguyên Bộ trưởng Bộ Y tế đầu tiên của Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa – Ông được xem như ông tổ trong ngành lao và bệnh phổi với một câu nói xem như là phương châm hành động cho ngành lao và bệnh phổi Việt Nam hiện nay, đó là: “chỉ có nắm vững tình hình bệnh phổi trong nước mới chuẩn đoán bệnh lao ít sai lầm” và chúng tôi cũng phát triển trên tinh thần đó. Khởi nguồn là một bệnh viện lao nhưng bây giờ Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch là một bệnh viện chuyên về phổi trong đó mũi nhọn thực sự là bệnh phổi với các hệ thống trang thiết bị mới, tiên tiến, được đầu tư từ nhà nước và nguồn vốn của bệnh viện, nhờ sự giúp đỡ của bạn bè quốc tế. Chúng tôi luôn tâm niệm giá trị cốt lõi của Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch là “Phát triển – Nhân văn – Thiện nguyện” để thực hiện sứ mệnh “Chăm sóc tốt sức khỏe phổi” với tầm nhìn “Vươn tới đỉnh cao bệnh phổi”.
Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch là bệnh viện hạng I trực thuộc Sở Y tế thành phố Hồ Chí Minh. Theo Quyết định phân công công tác chỉ đạo tuyến trong lĩnh vực khám, chữa bệnh, ban hành kèm theo Quyết định số 4026 /QĐ-BYT ngày 20 tháng 10 năm 2010 của Bộ trưởng Bộ Y tế, Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch là bệnh viện đầu ngành, phụ trách chỉ đạo tuyến trong lĩnh vực khám, chữa bệnh cho chuyên khoa Lao và Bệnh Phổi các tỉnh/thành phố Miền Nam. Bệnh viện là cơ sở thực hành của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, Học viện Quân Y, Khoa Y Đại Học Quốc Gia Thành phố Hồ Chí Minh, Khoa Y Đại học Tân Tạo,…
Bệnh viện Phạm Ngọc Thạch gồm có 10 phòng chức năng (phòng Tổ chức Cán bộ, phòng Kế hoạch Tổng hợp, phòng Công tác Xã hội, phòng Quản lý Chất lượng, phòng Điều dưỡng, phòng Chỉ đạo tuyến, phòng Tài chính Kế toán, phòng Hành chính Quản trị, phòng Vật tư Trang thiết bị, phòng Công nghệ Thông tin). Khu chẩn đoán Kỹ thuật cao gồm có: 04 khoa cận lâm sàng (Chẩn đoán hình ảnh, Vi sinh, Sinh hoá- huyết học- Miễn dịch, Giải phẫu bệnh) và 01 khoa Khám bệnh và quản lý điều trị ngoại trú phục vụ trung bình khoảng 1500 lượt bệnh nhân/ngày và 16 giường bệnh điều trị ban ngày. Khu A là khu bệnh phổi có tổng cộng là 406 giường bệnh gồm các khoa: A2, A3, A4, A5, A6 có 315 giường bệnh (63 giường bệnh/khoa), khoa Hồi sức cấp cứu – Chống độc 91 giường bệnh. Khoa Hóa trị Ung thư 128 giường bệnh. Khu B là khu lao có tổng cộng 187 giường bệnh, gồm các khoa B2 80 giường bệnh, B3 59 giường bệnh, B4 48 giường bệnh. Khu C là khu Kỹ thuật chuyên sâu chuyên chẩn đoán bệnh phổi không lây nhiễm có tổng cộng 210 giường bệnh: gồm các khoa C4, C5, C6 có 78 giường bệnh (26 giường bệnh/khoa), khoa Gây mê Hồi sức 15 giường bệnh, khoa Ngoại lồng ngực 1 có 80 giường bệnh, khoa Ngoại lồng ngực 2 với 42. Khoa Cấp cứu Ngoại chẩn có 46 giường bệnh, khoa Dịch vụ điều trị bệnh phổi 33 giường bệnh, 01 Khoa Nhi 20 giường bệnh (05 giường Điều trị trong ngày). Ngoài ra còn có 01 khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn, 01 khoa Phục hồi Chức năng, 01 khoa Dược.
Bệnh viện là nơi hoạt động nghề nghiệp của một tập thể 905 nhân viên y tế có tay nghề cao cả nội và ngoại khoa trong lĩnh vực lao và bệnh phổi, đặc biệt là trong lĩnh vực phẫu thuật lồng ngực, chẩn đoán và hoá trị ung thư phế quản phổi, bệnh phổi không lao và lao (khoảng 30%), mỗi ngày phục vụ cho khoảng 1500 lượt bệnh nhân ngoại trú và 1035 giường nội trú với công suất hoạt động 110%.